Quelles garanties politiques pour les protestants ?

Les protestants ont beaucoup insisté pour obtenir 150 lieux de refuge dont 51 places de sûreté. Ce sont des villes, bourgs et châteaux dont le poste de gouverneur et la garnison, financés par l'État, sont exclusivement réservés à des protestants. Cette revendication, qui s'inscrit dans le droit fil des réflexes acquis pendant les guerres religieuses, où tant de traités de paix ne furent que de simples trêves, a été jugée diversement par les historiens. Si certains comprennent cette prudence à une époque où la tolérance étatique n'existe presque nulle part en Europe, d'autres qualifient d'« erreur politique » le recours à « ces super-privilèges féodaux » sous le règne d'un roi qui ne rêve que de rétablir un État fort alors que les élites protestantes des années 1570 avaient esquissé un projet plus moderne de monarchie fédérale et décentralisée.

Dans les articles secrets la monarchie reconnaît enfin le droit pour les protestants de réunir des assemblées politiques de la noblesse et des villes aptes à examiner les conditions d'application de l'édit et à députer vers le roi pour lui porter leurs doléances. Cette procédure, en contradiction avec le style absolutiste d'Henri IV, a été exigée comme une assurance pour l'avenir. Elle peut être rapprochée du droit de représentation dont jouit l'Église catholique par le biais de ses assemblées du clergé réunies tous les cinq ans pour négocier le montant fiscal du « don gratuit » au trésor royal depuis le contrat de Poissy de 1561.